Giam

「古溝 剛のオリジナルソフト公開ホームページ」で公開されているフリーの GIF & MNG-LC アニメーション作成ツールです。
んで、試しに使ってみたけど、WINDOWSのペイントを使って色が塗れる、けども、読み込める形式がGIF・MNG形式の為、Easytoon等で白黒動画を作成後、Giamで彩色って手順になりますね。両方ともフリーソフトなので、とりあえずアニメを作ってみたい方にはお勧めかも。
http://homepage3.nifty.com/furumizo/index.htm